Forskningsnettet er ledet af en styregruppe, der refererer til Ministeriet for Forskning, Innovation og Videregående Uddannelse (Uddannelsesministeriet). Herunder er Netsekretariatet placeret med en række medarbejdere, som arbejder med netdrift, brugertjenester og outreach.
- Forskningsnettets brugerne har den bestemmende indflydelse i alle organisationens led
- Uddannelsesministeriet udstikker de overordnede politiske rammer for Forskningsnettet
- Styregruppen er Forskningsnettet øverste ledelse. Styregruppens formand er Forskningsnettets øverste ansvarlige
- Netsekretariatet er nedsat af styregruppen og er Forskningsnettets daglige ledelse
- Driftsorganisationen består af en driftskoordinator med kontakt til de lokale driftscentre i de enkelte organisationer.
- Forskningsnettets tekniske referencegruppe er netværksansvarlige fra de tilknyttede organisationer